Η απουσία της παραδοσιακής μπεσαμέλ και οι ψημένες μελιτζάνες στη θέση των τηγανητών είναι οι πιο σημαντικές παρεμβάσεις σε αυτή την κλασική συνταγή, που δεν θα αφαιρέσουν τίποτα από τη νοστιμιά του μουσακά, παρά μόνο από την περιεκτικότητά του σε λιπαρά.